北京儿童医院以病人为中心，全心全意为儿童服务，大力弘扬“公慈勤和”院训精神。医院坚持公益，始终“关注儿童、关注健康”，成立“北京儿童健康基金会”，扶助困难家庭患儿就医;组织医疗骨干参加援疆援藏任务、“人才京郊行”、大型义诊活动，为偏远地区和基层单位的儿童送医、送药、送健康;开展免费救治西藏先心病、唇腭裂患儿活动，举办血友病、糖尿病、白血病儿童夏令营，让患儿感受到社会的温暖。
随着我国人民生活水平的提高，家长对孩子身高的关注度越来越高。矮小的诊断标准：身高低于同地区、同种族、同性别、同年龄身材正常儿童身高平均值两个标准差，或者身高低于该人群儿童身高的第3百分位。导致身材矮小的原因众多，生长缺乏症、家族性矮小、体制性青春期延迟、先天性卵巢发育不全、甲状腺功能减低、性早熟所致的矮小、早产儿、小于胎龄儿、严重的佝偻病和骨骼发育畸形以及多种慢性疾病所致的矮小、特殊矮小综合征等均可引起矮小。另外，特发性的矮小不仅与遗传因素有关，也与不健康的生活方式密切相关。
内分泌科是医院中一个专门内分泌科疾病的地方，主要负责糖尿病、肥胖症、骨质疏松、痛风、脂质代谢紊乱以及甲状腺、垂体、肾上腺、性腺、甲状旁腺等疾病的临床诊治。
巩纯秀，中华医学会儿科内分泌遗传代谢学组副组长，中华医学会糖尿病学会委员，中华医学会糖尿病学会1型糖尿病学组副组长，北京医学会儿科分会内分泌遗传代谢学组组长，中华医学会糖尿病学分会北京分会委员，原亚太儿科内分泌学会理事会理事，中国医师协会内分泌代谢学分会常委。中华儿科杂志编委,中华医药杂志常务编委，中华糖尿病杂志编委，中国糖尿病杂志编委，中国实用儿科杂志编委，中国小儿急救医学编委，免疫分析与临床杂志编委，柳叶刀糖尿病内分泌中文版编委。